Galvenā atšķirība starp endocitozi un eksocitozi ir tāda, ka endocitoze ievada vielas šūnā, bet eksocitoze transportē vielas uz šūnas ārpusi.
Šūnā ir šūnas membrāna, kas darbojas kā barjera starp šūnas interjeru un ārējo vidi. Tāpēc šūnām, kurām ir šāda membrāna, ir nepieciešams kaut kāds transporta mehānisms, lai izveidotu savienojumu ar ārējo vidi. Piemēram, šūnām jāiegūst barības vielas un jāizdala atkritumi no šūnas. Šim nolūkam šūnām ir četri galvenie transporta mehānismi: difūzija, osmoze, aktīvais transports un lielgabarīta transports. Difūzija un osmoze ir pasīvi procesi, savukārt aktīvais transports un beramkravu pārvadājumi ir aktīvi procesi, kas patērē enerģiju. Endocitoze un eksocitoze ir divu veidu beztaras transporta mehānismi, kas lielās daļiņas transportē caur plazmas membrānu vai nu no šūnas uz ārējo vidi, vai no ārējās vides uz šūnu. Abi šie mehānismi veido ar membrānu saistītos pūslīšus kā pārvietošanās līdzekli.
