Galvenā atšķirība starp zooidogāmiju un sifonogāmiju ir tāda, ka zooidogāmija ir stāvoklis, kad vīriešu dzimumšūnas peld ūdenī, lai sasniegtu sieviešu dzimumšūnas, savukārt sifonogāmija ir stāvoklis, kad putekšņu caurules tiek izstrādātas, lai vīriešu dzimumšūnas pārnestu uz sieviešu gametām.
Seksuālā reprodukcija dažādās augu grupās notiek dažādos veidos. Lai pabeigtu apaugļošanu, vīriešu dzimumšūnām vajadzētu sasniegt sieviešu dzimumšūnas. Zooidogāmija un sifonogāmija ir divi veidi, kas izskaidro, kā vīriešu dzimumšūnas virzās uz sieviešu gametām. Zooidogāmijā vīriešu dzimuma gametas peld pret sieviešu gametām, savukārt sifonogāmijā vīriešu dzimumšūnas pārvietojas caur ziedputekšņu cauruli sieviešu dzimuma gametām. Piemēram, aļģes, bryophytes, pteridophytes un daži gymnosperms demonstrē zooidogamy, bet sēklu augi sifonogamy.
