Galvenā atšķirība starp O un H antigēnu ir tā, ka O antigēns ir baktēriju virsmas pārklājuma ārējā daļa, savukārt H antigēns ir slaida vītņveida struktūra, kas ir daļa no flagellas.
Antigēni ir molekulu atpazīšanas vietas, kas atrodas daudzās baktērijās, sēnītēs, vīrusos, putekļu daļiņās un citās šūnu un bezšūnu daļiņās, kuras varētu atpazīt uzņēmēja imūnsistēma. Parasti lielākā daļa antigēnu atrodas uz šūnas virsmas. Strukturāli antigēni var būt olbaltumvielas, aminoskābes, lipīdi, glikolipīdi vai glikoproteīni vai nukleīnskābes marķieri. Šīm molekulām piemīt īpaša spēja izraisīt imūnreakciju uzņēmējā. Šī imūnā atbilde rodas, attiecīgi izraisot antivielu ražošanu.
Antigēnus parasti izmanto baktēriju serotipa identifikācijas sistēmā. Salmonella ir baktēriju ģints, kurai ir daudz serotipu. Serotipi ir mikroorganismu grupas vienas sugas ietvaros. Šos serotipus var atšķirt, izmantojot O antigēna un H antigēna kombināciju. O antigēns ir LPS sānu ķēde, bet H antigēns ir daļa no flagellas.
