Galvenā atšķirība starp antigēnu un patogēnu ir tā, ka antigēns ir sveša viela, toksīns vai molekula, kas var stimulēt imūnreakciju, lai ražotu antivielas pret to, savukārt patogēns ir organisms, it īpaši mikrobs, kas inficē mūsu ķermeni un izraisa slimības.
Patogēni ir visi svešzemju organismi, kas izraisa slimības saimniekaugos un dzīvniekos. Antigēns ir molekula, kas atrodas baktēriju šūnu sienā vai organismu pārklājumā. Antigēns liek mūsu imūnsistēmai radīt antivielas pret to un aizsargā mūsu ķermeni no kaitīgiem svešiem organismiem.
