Galvenā atšķirība starp kandidātgēnu un GWAS ir tāda, ka kandidātgēnu pieeja pēta ģenētisko variāciju nelielā skaitā iepriekš noteiktu interesējošo gēnu, savukārt GWAS izpēta visu genomu, lai noteiktu kopīgas ģenētiskās variācijas aiz konkrēta slimības stāvokļa.
Kandidātu gēnu pieeja un genoma mēroga asociācijas pētījumi (GWAS) ir divas metodes, kas ir svarīgas, lai noteiktu ģenētisko uzņēmību pret slimībām. Kandidātgēnu pieeja balstās uz iepriekš noteiktu nelielu gēnu skaitu, savukārt GWAS - uz visa genoma pārbaudi. Tādējādi kandidātu gēnu pieejai ir vajadzīgas iepriekšējas zināšanas par gēniem, kas attiecas uz šo slimību, atšķirībā no GWAS.
