Galvenā atšķirība starp QTL un GWAS ir atkarīga no analīzē izmantoto secību veida. QTL izmanto sasaistes gēnu lokusus, lai analizētu fenotipiskās īpašības, kas saistītas ar poligēnisko mantojumu, savukārt GWAS izmanto veselas genoma sekvences, lai analizētu atsevišķa stāvokļa atsevišķu nukleotīdu polimorfismus.
QTL kartēm un GWAS ir svarīga loma dažādu īpašību ģenētiskajā analīzē. Turklāt tie ir svarīgi, analizējot dažādus slimības apstākļus ar nezināmu etioloģiju. Turklāt secībai ir galvenā loma abās tehnikās. Lai palielinātu precizitāti un precizitāti, šīs metodes var papildus apvienot ar citām augstas caurlaidspējas metodēm.
