Galvenā atšķirība starp piridīnu un pirimidīnu ir tāda, ka piridīna struktūra atgādina benzola struktūru ar vienu metilgrupu, kas aizstāta ar slāpekļa atomu, turpretī pirimidīna struktūra, kaut arī tā atgādina benzola struktūru, ir divas metilgrupas aizstāj ar slāpekļa atomiem.
Piridīns un pirimidīns ir organiski savienojumi. Tie tiek nosaukti par heterocikliskiem organiskiem savienojumiem, jo tie ir cikliskas struktūras, kurām ir divi dažādi atomu veidi, kas veido gredzenu. Šīs gredzenu struktūras satur oglekļa un slāpekļa atomus.
