Galvenā atšķirība starp DMSO un MSM ir tā, ka DMSO ir sēra organiskais savienojums, kas pastāv šķidrā fāzē, savukārt MSM ir sēra organiskais savienojums, kas pastāv cietā fāzē.
Termins DMSO apzīmē dimetilsulfoksīdu, bet termins MSM apzīmē metilsulfonilmetānu. Abi šie ir organiskā sēra savienojumi. Tas nozīmē; šiem savienojumiem ir sēra atomi, kas saistīti ar organiskiem savienojumiem. Galvenā atšķirība starp DMSO un MSM ir vielas fāzē, kurā šie savienojumi pastāv istabas temperatūrā. Papildus šai galvenajai atšķirībai ir arī dažas citas atšķirības.
