Galvenā atšķirība starp starpsugu un intraspecific hibridizācija ka starpsugu hibridizācija notiek starp divām saistītām personām, kas pieder pie divām dažādām sugām, bet noticis intraspecific hibridizācija starp ģenētiski atšķirīgas divām privātpersonām tās pašas sugas.
Hibridizācija ir ģenētiski diferencētu indivīdu vai grupu pārošanās vai šķērsošanas process. Hibridizācijas galvenais mērķis ir apvienot vēlamos gēnus, kas atrodas dažādos organismos. Turklāt hibridizāciju izmanto tīršķirnes cilmes vietu ražošanā. Pārošanu var veikt starp diviem vienas sugas indivīdiem vai starp diviem dažādu sugu indivīdiem. Pamatojoties uz to, ir divu veidu hibridizācija: intraspecifiska hibridizācija un starpsugu hibridizācija.
