Galvenā atšķirība starp molekulārās orbitāles teoriju un hibridizācijas teoriju ir tāda, ka molekulārā orbitāles teorija apraksta saistīšanās un anti-saistīšanās orbitāļu veidošanos, savukārt hibridizācijas teorija apraksta hibrīdu orbitāļu veidošanos.
Ir dažādas teorijas, kas izstrādātas, lai noteiktu molekulu elektronisko un orbitālo struktūru. Tik svarīgas teorijas ir VSEPR teorija, Luisa teorija, valences saišu teorija, hibridizācijas teorija un molekulārās orbitāles teorija. Starp tām vispieņemamākā teorija ir molekulārā orbitālā teorija.
