Galvenā atšķirība starp molekulārās orbitāles teoriju un valences saišu teoriju ir tā, ka molekulārā orbitāles teorija apraksta molekulārās orbitāles veidošanos, savukārt valences saites teorija apraksta atomu orbitāles.
Dažādām molekulām ir atšķirīgas ķīmiskās un fizikālās īpašības nekā atsevišķiem atomiem, kas savienojās, veidojot šīs molekulas. Lai saprastu šīs atomu un molekulāro īpašību atšķirības, ir nepieciešams saprast ķīmisko saišu veidošanos starp vairākiem atomiem, lai izveidotu molekulu. Pašlaik mēs izmantojam divas kvantu mehāniskās teorijas, lai aprakstītu molekulu kovalento saiti un elektronisko struktūru. Tās ir valences saišu teorija un molekulārās orbitālās teorijas.
