Galvenā atšķirība starp Ubikinoniem un Citohromiem ir tā, ka Ubikinoni (CoQ) nav olbaltumvielas, savukārt Citohromi ir olbaltumvielas.
Elektronu transportēšanas ķēde ir aerobās elpošanas pēdējais posms. Tāpēc tas notiek mitohondriju iekšējā membrānā. Turklāt tas sastāv no elektronu nesējiem, kas atvieglo protonu gradienta veidošanos visā membrānā. Izņemot NAD un flavoproteīnus, ubikinoni un citohromi ir divu veidu elektronu nesēji, kas iesaistīti elektronu transporta ķēdē. Ubiquinones ir olbaltumvielās nešķīstošas lipīdos šķīstošas hidrofobiskas organiskas molekulas, savukārt citohromi ir dzelzi saturoši proteīni.
