Galvenā atšķirība starp zilaļģēm un zaļajām aļģēm ir tā, ka zilaļģes ir prokariotu organismi, kas pieder Kingdom Monera, savukārt zaļās - eukariotu organismi, kas pieder Kingdom Protista.
Fotosintēze ir fotoautotrofu parādītais process. Tas ir process, kas sintezē ogļhidrātus (pārtiku), uztverot enerģiju no saules gaismas. Process prasa fotosintētisko pigmentu, CO 2 un ūdens klātbūtni. Fotoautotrofiem ir fotosintēzes pigmenti, lai veiktu fotosintēzi. Ir trīs galvenās fotoautotrofu grupas kā augi, zilaļģes (zilās un aļģes). Tāpēc gan zilās, gan zaļās aļģes ir fotosintēzes organismi. Tomēr zilās zaļās aļģes ir prokariotu organismi, savukārt zaļās - eikariotu organismi. Attiecīgi ir atšķirība starp zilajām un zaļajām aļģēm, pamatojoties uz to šūnu organizāciju un citām īpašībām.
