Galvenā atšķirība starp zilaļģēm un aļģēm ir tā, ka zilaļģes ir prokariotu baktēriju grupa, savukārt aļģes ir mazi eikariotu augiem līdzīgi organismi.
Fotosintēze ir ārkārtīgi svarīgs process, kas saules enerģiju pārvērš ogļhidrātu ķīmiskajā enerģijā. Tādējādi tas ir process, kas ļauj noteiktiem organismiem pašiem ražot pārtiku, un šie organismi ir pazīstami kā fotoautotrofi. Tāpat zaļie augi, aļģes un zilaļģes ir trīs fotoautotrofu veidi. Starp šiem trim veidiem cianobaktērijas ir prokarioti, kas ir baktērijas. No otras puses, zaļie augi un aļģes ir eikariotu organismi. Apsverot zilaļģes un aļģes, atšķirībā no zaļajiem augiem tie ir mikroskopiski organismi. Tomēr zilaļģes un aļģes savā starpā galvenokārt atšķiras ar šūnu organizāciju. Šī raksta mērķis ir izskaidrot atšķirību starp zilaļģēm un aļģēm.
