Galvenā atšķirība starp hidrofobajām un hidrofilajām aminoskābēm ir tā, ka hidrofobās aminoskābes ir nepolāras, savukārt hidrofilās aminoskābes ir polāras.
Aminoskābes ir olbaltumvielu celtniecības bloki. Olbaltumviela ir milzu polimēra molekula, kas ir būtiska visu dzīvo organismu sastāvdaļa. Turklāt aminoskābes galvenokārt ir divu veidu kā neaizvietojamās un nebūtiskās aminoskābes. Turklāt mēs varam tos klasificēt kā hidrofilās un hidrofobās aminoskābes atkarībā no to fizikāli ķīmiskā rakstura. Tie atšķiras viens no otra, galvenokārt balstoties uz polaritāti.
