Galvenā atšķirība starp BCAA un aminoskābēm ir tā, ka BCAA ir sazarotas ķēdes aminoskābe, kurai ir alifātiskas sānu ķēdes ar zaru, savukārt aminoskābes ir organiski savienojumi, kas satur amīnu grupas, karboksilgrupas un specifisku sānu ķēdi.
Aminoskābes ir olbaltumvielu celtniecības bloki. Aminoskābes sānu grupa (R) nosaka aminoskābes īpašības. Tāpēc šī sānu grupa ir specifiska aminoskābēm. Citiem vārdiem sakot, dažādām aminoskābēm ir dažādas sānu grupas. Tomēr BCAA ir papildu unikalitāte; centrālais oglekļa atoms, kas saistīts ar trim vai vairākiem oglekļa atomiem.
