Galvenā atšķirība starp genomu un genofondu ir tā, ka genoms attiecas uz visu organisma DNS, bet genofonds - uz visu krustojuma populācijas unikālo gēnu kopumu.
Gēns ir iedzimtības pamata strukturālā vienība. Gēni no vecākiem pēcnācējiem pāriet caur gametām. Arī tie atrodas organisma genomā. Genoms ir pilnīgs organisma DNS kopums. Gēnu kopa ir arī līdzīgs termins. Bet tas atspoguļo visu populācijā vai sugā esošo gēnu kolekciju. Atšķirībā no genoma, genofonds ir populācijas gēnu sajaukums. Attiecīgi gēnu fonds pārstāv visas iespējamās alēles, kas atrodas šajā konkrētajā populācijā.
