Galvenā atšķirība starp atomu un molekulārajiem elementiem ir tā, ka atomu elements ir ķīmiska suga, kas pastāv kā neatkarīgi atomi, turpretī molekulārais elements ir molekulāra viela, kas sastāv no diviem vai vairākiem viena elementa atomiem.
Atomu elementi ir visstabilākie ķīmiskie elementi; galvenokārt cēlās gāzes. Tāpēc tie var pastāvēt kā neatkarīgi atomi. Bet tie var iziet ķīmiskas reakcijas, veidojot arī savienojumus. Turpretī molekulārie elementi ir ķīmiski savienojumi, kas satur vismaz divus tā paša ķīmiskā elementa atomus. Šie atomi saistās viens ar otru, veidojot ķīmiskās saites starp atomiem.
