Galvenā atšķirība starp lineārajiem un rotējošajiem molekulārajiem motoriem galvenokārt ir balstīta uz motoru olbaltumvielu veidojošo kompleksu kustību. Kamēr lineārie molekulārie motori parāda vienvirziena lineāru kustību starp kompleksiem, rotējošie molekulārie motori rāda rotācijas kustības ap dažādiem kompleksiem, kas veido molekulāro motoru.
Molekulmotori ir svarīgas biomolekulas, kas piedalās daudzās reakcijās, īpaši saistītas ar enerģijas radīšanu adenozīna trifosfāta (ATP) izteiksmē. Viņiem ir galvenā loma kustībā vai mehāniskajā darbā. Motora proteīni izmanto mehānisko spēku, lai iegūtu ATP vai nukleotīdu trifosfāta hidrolīzes enerģiju. Ir divu veidu molekulārie motori kā lineārie un rotējošie molekulārie motori. Tie pārstāv divus motora darbības režīmus.
