Galvenā atšķirība starp rezonansi un mezomerisko efektu ir tāda, ka rezonanse ir mijiedarbības rezultāts starp vientuļo elektronu pāriem un saites elektronu pāriem, turpretim mezomeriskais efekts rodas aizvietotāju grupu vai funkcionālo grupu klātbūtnes dēļ.
Divas rezonanses un mezomeriskā efekta ķīmiskās koncepcijas nosaka precīzu organiskās molekulas ķīmisko struktūru. Rezonanse rodas molekulās, kurās vientuļi elektronu pāri atrodas uz jebkura molekulas atoma. Mesomeriskais efekts rodas, ja molekulai ir aizvietotāji vai funkcionālās grupas. Abas šīs parādības ir izplatītas organiskajās molekulās.
