Galvenā atšķirība starp pepsiīnu un proteāzi ir tā, ka pepsīns ir viena veida proteāze, savukārt proteāze ir ferments, kas proteīnu sašķeļ aminoskābēs.
Olbaltumvielas ir svarīgas makromolekulas, kas izgatavotas no dažādām aminoskābēm. Aminoskābes ir olbaltumvielu celtniecības bloki, un tās amīdsaišu ietekmē polimerizējas olbaltumvielās. Daži fermenti var sadalīt olbaltumvielas aminoskābēs, un tos sauc par proteāzēm. Ir dažādi proteāžu veidi, kas atšķiras atkarībā no hidrolīzes mehānisma. Starp tiem pepsīns, kas ir kuņģa proteāze, ir viens no šādiem veidiem.
