Galvenā atšķirība - Microarray vs RNS secība
Transkriptoms atspoguļo visu šūnā esošā RNS saturu, ieskaitot mRNS, rRNS, tRNS, degradēto RNS un nesadalīto RNS. Transkripcijas profilēšana ir svarīgs process, lai izprastu šūnu ieskatus. Ir vairākas uzlabotas metodes transkripcijas profilēšanai. Microarray un RNS sekvencēšana ir divu veidu tehnoloģijas, kas izstrādātas transkripcijas analīzei. Galvenā atšķirība starp mikroelementu un RNS sekvencēšanu ir tāda, ka mikroelementu pamatā ir iepriekš izstrādātu iezīmētu zondu hibridizācijas potenciāls ar mērķa cDNS sekvencēm, savukārt RNS sekvencēšana balstās uz tiešu cDNS virkņu sekvencēšanu, izmantojot uzlabotas sekvencēšanas metodes, piemēram, NGS. Microarray tiek veikts ar iepriekšējām zināšanām par sekvencēm un RNS sekvencēšana tiek veikta bez iepriekšējām zināšanām par sekvencēm.
SATURS
1. Pārskats un galvenās atšķirības
2. Kas ir Microarray
3. Kas ir RNS secība
4. Blakus salīdzinājums - Microarray vs RNS secība
5. Kopsavilkums
Kas ir Microarray?
Microarray ir spēcīga, uzticama un augstas caurlaidspējas metode, ko zinātnieki izmanto transkripcijas profilēšanai. Tā ir vispopulārākā pieeja atšifrējumu analīzei. Tā ir lēta metode, kas ir atkarīga no hibridizācijas zondēm.
Tehnika sākas ar mRNS ekstrakciju no parauga un cDNS bibliotēkas izveidošanu no kopējā RNS. Tad tas tiek sajaukts ar fluorescējoši marķētām iepriekš izstrādātām zondēm uz cietas virsmas (plankuma matrica). Papildu sekvences hibridizējas ar iezīmētajām zondēm mikroelementā. Pēc tam mikrouzņēmumu mazgā un pārmeklē, un attēlu kvantificē. Apkopotie dati jāanalizē, lai iegūtu relatīvās izteiksmes profilus.
Tiek pieņemts, ka mikroelementu zondu intensitāte ir proporcionāla izrakstu daudzumam paraugā. Tomēr tehnikas precizitāte ir atkarīga no projektētajām zondēm, iepriekšējām zināšanām par zondu secību un afinitāti hibridizācijai. Tādējādi mikrouzņēmumu tehnoloģijai ir ierobežojumi. Microarray tehniku nevar veikt ar zemu pārpilnības atšifrējumiem. Tas nespēj diferencēt izoformas un identificēt ģenētiskos variantus. Tā kā šī metode ir atkarīga no zondu hibridizācijas, mikroelementu tehnikā rodas dažas ar hibridizāciju saistītas problēmas, piemēram, krusteniskā hibridizācija, nespecifiskā hibridizācija utt.
01. attēls: Microarray
Kas ir RNS secība?
RNS šautenes secība (RNS sekvence) ir nesen izstrādāta visa transkripta sekvencēšanas tehnika. Tā ir ātra un augstas caurlaidspējas transkripcijas profilēšanas metode. Tas tieši nosaka gēnu izpausmi un rada dziļu transkripcijas izpēti. RNS sekvence nav atkarīga no iepriekš izstrādātajām zondēm vai iepriekšējām zināšanām par sekvencēm. Tāpēc RNS seq metodei ir augsta jutība un spēja atklāt jaunus gēnus un ģenētiskos variantus.
RNS sekvencēšanas metodi veic ar vairākiem posmiem. Šūnas kopējam RNS jābūt izolētam un sadrumstalotam. Pēc tam, izmantojot reverso transkriptāzi, jāsagatavo cDNS bibliotēka. Katra cDNS virkne jāsaista ar adapteriem. Tad sasaistītie fragmenti jāpastiprina un jāattīra. Visbeidzot, izmantojot NGS metodi, jāveic cDNS sekvencēšana.
02. attēls: RNS secība
Kāda ir atšķirība starp Microarray un RNS sekvencēšanu?
Atšķirīgs raksts vidū pirms tabulas
Microarray vs RNS secība |
|
| Microarray ir izturīga, uzticama, augstas caurlaidspējas metode. | RNS sekvencēšana ir precīza un augstas caurlaidspējas metode. |
| Izmaksas | |
| Šī ir zemu izmaksu metode. | Šī ir dārga metode. |
| Liela paraugu skaita analīze | |
| Tas atvieglo vienlaikus analizēt lielu skaitu paraugu. | Tas atvieglo liela skaita paraugu analīzi. |
| Datu analīze | |
| Datu analīze ir sarežģīta. | Šajā metodē tiek ģenerēts vairāk datu; līdz ar to process ir sarežģītāks. |
| Iepriekšējas zināšanas par secībām | |
| Šī metode ir balstīta uz hibridizācijas zondēm, tāpēc nepieciešamas iepriekšējas zināšanas par sekvencēm. | Šī metode nav atkarīga no iepriekšējām secības zināšanām. |
| Strukturālās variācijas un jaunie gēni | |
| Ar šo metodi nevar noteikt strukturālas variācijas un jaunus gēnus. | Ar šo metodi var noteikt strukturālas variācijas, piemēram, gēnu saplūšanu, alternatīvu savienošanu un jaunus gēnus. |
| Jutīgums | |
| Tas nevar noteikt izoformu izpausmes atšķirības, tāpēc tam ir ierobežota jutība. | Tam ir augsta jutība. |
| Rezultāts | |
| Tā rezultātā var būt tikai relatīvie izteiksmes līmeņi. Tas nedod absolūtu gēnu ekspresijas kvantifikāciju. | Tas dod absolūtos un relatīvos izteiksmes līmeņus. |
| Datu atkārtota analīze | |
| Lai veiktu atkārtotu analīzi, tas ir jāpārkārto. | Secības datus var atkārtoti analizēt. |
| Nepieciešamība pēc īpaša personāla un infrastruktūras | |
| Mikrorajoram nav nepieciešama īpaša infrastruktūra un personāls. | Īpaša infrastruktūra un personāls, kas nepieciešams RNS sekvencēšanai. |
| Tehniskie jautājumi | |
| Microarray tehnikai ir tādi tehniski jautājumi kā krusteniskā hibridizācija, nespecifiskā hibridizācija, ierobežots atsevišķu zondu noteikšanas ātrums utt. | RNS seq tehnika ļauj izvairīties no tādiem tehniskiem jautājumiem kā krusteniskā hibridizācija, nespecifiskā hibridizācija, atsevišķu zondu ierobežots noteikšanas ātrums utt. |
| Aizspriedumi | |
| Šī ir neobjektīva metode, jo tā ir atkarīga no hibridizācijas. | Novirze ir maza, salīdzinot ar mikrolainu. |
Kopsavilkums - Microarray vs RNS secība
Microarray un RNS sekvencēšanas metodes ir augstas caurlaidspējas platformas, kas izstrādātas transkripcijas profilēšanai. Abas metodes rada rezultātus, kas ir cieši saistīti ar gēnu ekspresijas profiliem. Tomēr RNS sekvencēšanai ir priekšrocības, salīdzinot ar mikroelementu gēnu ekspresijas analīzē. RNS sekvencēšana ir jutīgāka metode zemas pārpilnības atšifrējumu noteikšanai nekā mikrolainais. RNS sekvencēšana arī ļauj diferencēt izoformas un identificēt gēnu variantus. Tomēr mikrouzņēmumi ir izplatīta vairākuma pētnieku izvēle, jo RNS sekvencēšana ir jauna un dārga metode ar datu uzglabāšanas problēmām un sarežģītu datu analīzi.
