Galvenā atšķirība - Exome vs RNS secība
Nukleīnskābes sekvencēšana ir metode, kas nosaka nukleotīdu secību noteiktā organisma DNS vai RNS fragmentā. Secība ir svarīga, lai identificētu šūnas DNS un RNS sastāvu un noteiktu dažus gēnus, kas kodē funkcionālos proteīnus; tādējādi secību var izmantot, lai izprastu šo gēnu mutācijas un gēnu izpausmes. Sanger sekvencēšanas metode vai modernākās nākamās paaudzes sekvencēšanas metodes ir sekvencēšanas metodes, kuras parasti izmanto. Exome sekvencēšana ir visa organismā esošo eksonu vai kodējošo DNS reģionu kompleksa sekvencēšana, turpretī RNS sekvencēšana ir Ribonukleīnskābju (RNS) sekvencēšanas procedūra. Šī ir galvenā atšķirība starp eksomu un RNS sekvencēšanu.
SATURS
1. Pārskats un galvenās atšķirības
2. Kas ir Exome sekvencēšana
3. Kas ir RNS
secība 4. Līdzības starp Exome un RNS secību
5. Blakus salīdzinājums - Exome vs RNS secība tabulas veidā
6. Kopsavilkums
Kas ir Exome sekvencēšana?
Exome ir genoma apakškopa, kas sastāv no konkrēta organisma kodēšanas gēniem. Kodējošie gēni tiek nosaukti par eksoniem un tiek pārrakstīti mRNS un pēc tam pārveidoti aminoskābju sekvencēs. Pēc transkripcijas modifikāciju RNS savienošanas mehānisms eikariotos noņem intronus (nekodējošus reģionus), un eksoni paliek. Ir divas galvenās metodes, kurās tiek veikta eksomu sekvencēšana: balstīta uz risinājumu un uz masīvu.
Eksomu sekvencēšanā, pamatojoties uz šķīdumu, DNS paraugi tiek fragmentēti, izmantojot vai nu restrikcijas enzīmus, vai mehānisku metodi, un denaturēti ar karstumu. Šajā tehnikā biotinilētu oligonukleotīdu zondes (ēsmas) izmanto selektīvai hibridizācijai ar mērķa reģioniem genomā. Saistīšanas posmā izmanto magnētiskās streptavidīna lodītes. Pēc iesiešanas seko mazgāšanas posms, kurā nesaistītās un nenorādītās sekvences nomazgā. Pēc tam piesaistītie mērķi tiek pastiprināti, izmantojot polimerāzes ķēdes reakciju (PCR), un pēc tam tiek sekvencēti, izmantojot Sangera sekvencēšanas vai nākamās paaudzes sekvencēšanas paņēmienus.
01. attēls: Exome secība
Uz masīvu balstīta metode ir arī līdzīga uz šķīdumu balstītai metodei, izņemot to, ka DNS fragmenti tiek uztverti mikro blokā, un pēc tam seko sasaistīšanas un mazgāšanas darbības.
Exome sekvencēšana tiek izmantota daudzos gadījumos, piemēram, slimību ģenētiskajā diagnostikā, gēnu terapijā, jaunu ģenētisko marķieru identificēšanā, lauksaimniecībā, lai noteiktu dažādas labvēlīgas agronomiskās īpašības, kā arī augu selekcijas procedūrās.
Kas ir RNS secība?
RNS sekvencēšana ir balstīta uz transkriptu, kas ir pilnīgi šūnu atšifrējumi. Galvenie RNS sekvencēšanas mērķi ir visu transkripta sugu, ieskaitot mRNS, nekodējošas RNS un mazas RNS, kataloga noteikšana, lai noteiktu gēnu transkripcijas struktūru un kvantificētu katra transkripta ekspresijas līmeni izstrādes laikā. RNS sekvencēšanas laikā sākotnēji sekvencēšanai tika izmantotas hibridizācijas tehnoloģijas (kas bija komplementāra DNS, kas iegūta no nobriedušām mRNS sekvencēm). Šobrīd RNS sekvencēšanai tiek izmantota precīzāka un progresīvāka caurlaides tehnika.
02. attēls: RNS secība
RNS sekvencēšanā RNS paraugs, kas var būt kopējā RNS vai frakcionēta RNS, tiek pārveidots par tā komplementāro DNS (cDNS), izmantojot reverso transkripciju, un tiek sagatavota cDNS bibliotēka. Katrs cDNS fragments ir piestiprināts pie adapteriem abās pusēs (pāra gala sekvencēšana) vai vienā pusē (viena gala sekvencēšana). Šīs iezīmētās sekvences tiek sekvencētas, izmantojot Sangera sekvencēšanu vai nākamās paaudzes, piemēram, eksoma sekvencēšanu.
Kādas ir līdzības starp Exome un RNS secību?
- Īsi atlasītos fragmentus vai visu DNS / RNS komplektu var izmantot Exome vai RNS sekvencēšanai.
- Secīgi fragmenti tiek saglabāti bibliotēkās.
- Var izmantot Sanger sekvencēšanu vai Next Generation sekvencēšanu.
- Abas ir in vitro sekvencēšanas metodes.
- Secīgus fragmentus var noteikt ar fluorescējošiem tagiem.
Kāda ir atšķirība starp Exome un RNS secību?
Atšķirīgs raksts vidū pirms tabulas
Exome vs RNS secība |
|
| Exome sekvencēšana ir visa organismā esošo eksonu vai kodējošo DNS reģionu secība. | RNS sekvencēšana attiecas uz Ribonukleīnskābju (RNS) sekvencēšanas procedūru; stenogramma. |
| Sākot paraugu | |
| Genoma DNS ir eksoma sekvencēšanas sākuma paraugs. | RNS ir RNS sekvencēšanas sākuma paraugs. |
| Sastāvs | |
| Tas satur tikai kopējās DNS kodēšanas reģionus, kas pazīstami kā Exons | Tas satur RNS-mRNS / transkriptomu. |
| Secība | |
| Ir divas galvenās eksomu sekvencēšanas metodes; uz risinājumiem un masīviem balstītas tehnoloģijas. | RNS sekvencēšana tiek veikta, sagatavojot cDNS bibliotēku, ekstrahējot kopējo RNS vai fragmentēto RNS. |
Kopsavilkums - Exome vs RNS secība
Exome ir pilnīgs organisma kodēšanas reģionu komplekts, un metodes, kas saistītas ar precīzu Exome nukleotīdu secības noteikšanu, ir pazīstamas kā eksoma sekvencēšana. RNS sekvencēšana ir metode, kas saistīta ar organisma RNS nukleotīdu secības noteikšanu. Šī ir atšķirība starp eksomu un RNS sekvencēšanu.
Lejupielādēt Exome vs RNS secības PDF versiju
Jūs varat lejupielādēt šī raksta PDF versiju un izmantot to bezsaistes vajadzībām, kā norādīts piezīmē. Lūdzu, lejupielādējiet PDF versiju šeit Starpība starp Exome un RNS secību
