Galvenā atšķirība starp enerģijas plūsmu un vielas apriti ir tā, ka enerģijas plūsma parāda enerģijas pārnesi no viena trofiskā līmeņa uz nākamo trofisko līmeni pārtikas ķēdēs, savukārt matērija - elementu plūsma vai cikliskums caur ekosistēmu dzīvajām un nedzīvajām daļām.
Enerģija ekosistēmā plūst caur pārtikas ķēdēm. Līdzīgi elementi pārvietojas pa dažādām Zemes daļām. Saule ir enerģijas avots lielākajai daļai ekosistēmu. Primārie ražotāji saules enerģiju veido ogļhidrātos. Patērētāji, īpaši zālēdāji, patērē ražotāju ražoto pārtiku. Tad gaļēdāji un visēdāji ir atkarīgi no zālēdājiem. Tāpat enerģija plūst caur dažādiem trofiskiem līmeņiem. Tajā pašā laikā matērija tiek pārstrādāta dažādos procesos. Patiesībā gan enerģija, gan matērija pārtikas ķēdēs pārvietojas no viena organisma uz otru.
