Galvenā atšķirība starp UTR un intronu ir tā, ka UTR ir nekodējoša nukleotīdu secība, kas ir iekļauta nobriedušā mRNS secībā, savukārt introns ir secība, kas nav iekļauta nobriedušā mRNS molekulā.
UTR jeb netulkots reģions ir nekodējoša secība, kas atrodama mRNS molekulā. Katrā mRNS secības pusē mēs varam redzēt vienu UTR. Tāpēc ir divi UTR kā 5'UTR un 3'UTR. Turpretī introns ir nekodējoša secība, kas atrodas starp gēna eksoniem. Veidojot mRNS, introni tiek atdalīti. Tādējādi mRNS secībā introni nav redzami. Tomēr gan UTR, gan introns ir svarīgi eikariotu genomu elementi.
