Galvenā atšķirība starp genokopiju un fenokopiju ir tāda, ka genocopijās fenotipi ir līdzīgi un genotips mainās, savukārt fenokopijā fenotipi atšķiras un genotips nemainās.
Genokopijas un fenokopijas atšķirības ir saistītas ar reto ģenētikas gadījumu izskaidrošanu. Abi jēdzieni parāda, kā tradicionālā ģenētika vai Mendeli ģenētika var atšķirties, pamatojoties uz izņēmumiem dabā. Genocopy attiecas uz fenomenu, kas dod līdzīgu fenotipu, neskatoties uz atšķirīgo genotipu. Turpretī fenokopija attiecas uz fenomenu atšķirību, neskatoties uz to, ka genotips paliek nemainīgs.
