Galvenā atšķirība starp Watson un Crick un Hoogsteen bāzes savienošanu ir tā, ka Watson un Crick bāzes savienošana ir standarta veids, kas raksturo bāzes pāru veidošanos starp purīniem un pirimidīniem. Tikmēr Hoogsteen bāzes savienošana ir alternatīvs veids, kā veidot pamatu pārus, kuros purīns atšķiras no pirimidīna konformācijas.
Nukleotīdam ir trīs sastāvdaļas: slāpekļa bāze, pentozes cukurs un fosfātu grupa. DNS un RNS struktūrā ir piecas dažādas slāpekļa bāzes un divi pentozes cukuri. Kad šie nukleotīdi veido nukleotīdu secību, komplementārās bāzes, vai nu purīni, vai pirimidīni, veido starp tām ūdeņraža saites. Tas ir pazīstams kā bāzes savienošana pārī. Tāpēc bāzes pāris tiek izveidots, savienojot divas slāpekļa bāzes ar ūdeņraža saitēm. Vatsona un Krika bāzes savienošana ir klasiskā vai standarta pieeja, savukārt Hoogsteen bāzes savienošana ir alternatīvs veids, kā veidot pamatu pārus.
