Galvenā atšķirība starp fotosintētiskajām un ķīmijsintētiskajām baktērijām ir tā, ka fotosintētiskās baktērijas enerģiju iegūst no saules gaismas, lai ražotu ogļhidrātus, savukārt ķīmijsintētiskās baktērijas - enerģiju no neorganisko vielu oksidēšanas, lai ražotu ogļhidrātus.
Organismus var iedalīt kategorijās, ņemot vērā viņu uztura veidu. Autotrofi un heterotrofi ir divas šādas galvenās kategorijas. Autotrofi var ražot paši savu pārtiku, savukārt heterotrofi ir atkarīgi no citiem organismiem, jo tie paši nevar ražot pārtiku. Lai ražotu savu pārtiku vai ogļhidrātus, autotrofi izmanto divus galvenos procesus: fotosintēzi un ķīmisko sintēzi.
Fotosintēzi darbina saules enerģija, bet ķīmisko sintēzi - enerģija, kas iegūta, oksidējot ķīmiskos savienojumus, galvenokārt neorganiskas vielas. Ir fotosintēzes baktērijas un ķīmijsintētiskās baktērijas. Fotosintētiskās baktērijas ražo pārtiku fotosintēzes laikā, bet ķīmijsintētiskās baktērijas ražo pārtiku, izmantojot enerģiju, kas iegūta no ķīmiskās vielas sadaloties.
