Galvenā atšķirība starp parazītiem un baktērijām ir tā, ka baktērijas ir vienšūnas mikroskopiski prokariotes, kas dzīvo visā pasaulē, savukārt parazīti ir organismi, kas dzīvo uz saimniekiem vai to saimniekos, vienlaikus izraisot saimniekiem infekcijas.
Parazīti un baktērijas ir organismi, kas atgādina ļoti primitīvus organismus, bet kuriem ir lielas adaptācijas iespējas izdzīvot dažādos vides apstākļos. Cilvēkiem šie organismi ir vissvarīgākie, jo lielāko daļu cilvēku izraisīto infekciju izraisa tieši viņi. Dažreiz noteiktas baktērijas tiek uzskatītas par parazītiem.