Galvenā atšķirība starp baktērijām un eikariotiem ir tāda, ka baktērijām trūkst patiesa kodola un ar membrānu saistītu organellu, savukārt eikariotiem ir patiess kodols un ar membrānu saistīti organelli.
Šūna ir visu dzīvo organismu funkcionālā un strukturālā pamatvienība. Atkarībā no šūnas pamatstruktūras pastāv divas organismu pamatkategorijas, prokarioti un eikarioti. Prokariotes ir vienšūnu organismi ar vienkāršu šūnu struktūru. Tie ietver divas galvenās grupas; Baktērijas un Arheja. No otras puses, eikariotiem ir sarežģītas šūnu struktūras ar labi organizētām šūnām. Tie ietver protistus, sēnītes, augus un dzīvniekus. Tā kā gan baktērijas, gan eikarioti ir dzīvi organismi, tiem ir dažas līdzības, piemēram, ar šūnu membrānu, ribosomām, DNS, kas nes ģenētisko informāciju utt. Tomēr, tā kā baktērijas ir prokariotes, baktērijām un eikariotiem ir daudz strukturālu un funkcionālu atšķirību ar eikariotiem. Šis raksts paredz izcelt atšķirību starp baktērijām un eikariotiem.
