Galvenā atšķirība starp diferenciāciju un morfogenēzi ir tā, ka diferenciācija apraksta to, kā šūnas kļūst specializētas, lai veiktu unikālas funkcijas, savukārt morfogenēze apraksta dzīvo organismu formu attīstību.
Daudzšūnu organismi sāk savu dzīvi no vienas šūnas, vai nu veidojot sporu, vai zigotu. Tādēļ šūnu diferenciācija un morfogenēze ir divi dažādi un galvenie procesi, kas notiek daudzšūnu organisma attīstības laikā. Diferencēšana ir dažādu specializētu šūnu tipu veidošanās process. Tas noved pie šūnu un audu nobriešanas, kas organismam veic īpašas funkcijas. No otras puses, morfogenēze ir dažādu dzīvo organismu formu attīstības process. Tas nosaka šūnu, audu, orgānu vai organismu formu.
