Galvenā atšķirība starp protomēriem un kapomeriem ir tā, ka protomeri ir oligomēru olbaltumvielu struktūras vienības, savukārt kapzomeri ir atsevišķi proteīni, kas sastāv no protomēriem, kas ir vīrusu kapsiīda strukturālās apakšvienības.
Vīruss ir intracelulārs obligāts parazīts, kas ir infekcijas daļiņa. Kapsiīds ir viena no divām galvenajām vīrusa daļiņas sastāvdaļām. Tas ir olbaltumvielu apvalks, kas ieskauj un aizsargā vīrusa genomu. Kapsiīdu veido protomēri, kas ir oligomēru olbaltumvielu struktūras vienības. Kapsomērs ir vīrusu kapsidas strukturāla apakšvienība, un tā ir vairāku protomēru kopums kā vienība. Tādējādi protomēri paši samontējas, lai izveidotu kapzomēru, un kapsomēri paši, lai izveidotu kapsiīdu.
