Galvenā atšķirība starp endotoksīnu un eksotoksīnu ir tā, ka endotoksīns ir lipopolisaharīds, kas atrodas baktēriju šūnu sienās, bet eksotoksīns ir olbaltumviela, kas izdalās baktēriju šūnas ārpusē.
Toksigēze ir patogēnu baktēriju toksīnu veidošanās process. Tas ir viens no galvenajiem mehānismiem, ko baktērijas izmanto slimību izraisīšanai. Ir divu veidu baktēriju toksīni kā endotoksīni un eksotoksīni. Strukturāli, kā arī ķīmiski ir atšķirība starp endotoksīnu un eksotoksīnu. Turklāt tie atšķirīgi iedarbojas uz dzīvajiem organismiem. Parasti endotoksīni ir lipopolisaharīdi, bet eksotoksīni ir olbaltumvielas.
