Galvenā atšķirība starp Golgi ķermeņiem un mitohondrijām ir to funkcijā. Golgi ķermeņu (vai Golgi aparāta) galvenā funkcija ir olbaltumvielu modificēšana, šķirošana un iesaiņošana sekrēcijai, savukārt mitohondriju galvenā funkcija ir šūnas enerģijas valūtas (ATP) ražošana caur elpošanu.
Eikariotu šūnas satur šūnu organellus, piemēram, Golgi ķermeņus, mitohondrijus, lizosomas, ribosomas, kodolu utt. Tie ir vitāli svarīgi organelli, kas nepieciešami šūnu funkcijām. Golgi ķermeņi ir daļa no endomembrānas sistēmas, kas sastāv no pūslīšiem un salocītām membrānām, savukārt mitohondriji ir dubultās membrānas saistītās pupiņu formas organellas, kas atrodamas eikariotu šūnās.
