Galvenā atšķirība starp kvaternāro amoniju un amonjaku ir tā, ka kvaternārā amonjaka molekulā centrālais slāpekļa atoms ir saistīts ar četrām alkilgrupām, savukārt amonjaka molekulā ir viens slāpekļa centrs, kas saistīts ar trim ūdeņraža atomiem.
Kvartārais amonijs ir katjons, kas iegūts no normālas amonjaka molekulas. Šeit trīs amonjaka molekulas ūdeņraža atomi ir aizvietoti ar līdzīgām vai atšķirīgām alkilgrupām, un ar tā vientuļo elektronu pāri slāpekļa atomam ir piesaistīta papildu alkilgrupa.
