Galvenā atšķirība starp amonjaku un amoniju ir tāda, ka amonjaks ir neuzlādēta polāra molekula, kas istabas temperatūrā ir gāze, savukārt amonija joni ir uzlādēti un pastāv kā brīvie joni šķīdumā vai kā kristalizēti sāls savienojumi.
Ir maz attēlu un pat noteiktu smaržu, kuras mūsu prāts nekavējoties saista ar amonjaku vai amoniju; tie ietver mēslošanas līdzekļus, slāpekļa atkritumus, ziepes un pat sprāgstvielas. Turklāt lielākā daļa cilvēku pieņem, ka starp amonjaku un amoniju nav atšķirību. Lielā līdzība starp šiem diviem un vārda amonjaks biežāka lietošana kā vispārējs termins gan tīram amonjaka, gan amonija savienojumiem ir tas, kas rada šo neskaidrību.
