Galvenā atšķirība starp BLAST un FastA ir tā, ka BLAST ir pamata saskaņošanas rīks, kas pieejams Nacionālā biotehnoloģijas informācijas centra vietnē, savukārt FastA ir līdzības meklēšanas rīks, kas pieejams Eiropas Bioinformātikas institūta vietnē.
BLAST un FastA ir divas programmatūras, kuras tiek plaši izmantotas, lai salīdzinātu dažādu sugu DNS, aminoskābju, olbaltumvielu un nukleotīdu bioloģiskās sekvences un meklētu to līdzību. Šie algoritmi tika uzrakstīti, paturot prātā ātrumu. Tā kā, kad 1980. gadu vidū zinātnieki laboratorijā spēja izolēt DNS, tas radīja nepieciešamību salīdzināt un atrast identiskus gēnus turpmākiem pētījumiem lielā ātrumā. Tādējādi šīs divas programmatūras tika izstrādātas tā, lai lietotājs varētu ātri meklēt līdzīgas sekvences ar viņu vaicājumu secībām.
BLAST ir akronīms Basic Local Alignment Search Tool un izmanto lokalizētu pieeju, salīdzinot abas secības. FastA ir programmatūra, kas attiecas uz Fast A, kur A apzīmē visus. Šeit programmatūra darbojas ar tādiem alfabētiem kā Fast A DNS sekvencēšanai un Fast P olbaltumvielām. Gan BLAST, gan FastA ļoti ātri salīdzina jebkuru genoma datu bāzi un tāpēc ir ļoti dzīvotspējīgi naudas izteiksmē, kā arī ļauj ietaupīt laiku.
