Galvenā atšķirība starp imūnsupresiju un imūndeficītu ir tā, ka imūnsupresija attiecas uz imūnsistēmas efektivitātes samazināšanos, savukārt imūndeficīts - uz imūnsistēmas nespēju cīnīties pret infekcijas izraisītājiem.
Imūnsistēma atklāj plašu infekcijas izraisītāju klāstu, kas nonāk mūsu ķermenī, un pasargā mūs no slimībām. Tāpēc tā ir aizsardzības sistēma mūsu ķermenī. Tas sastāv no dažāda veida imūnām šūnām. Imūnsistēma darbojas, izmantojot divas apakšsistēmas: iedzimtu imūnsistēmu un adaptīvu imūnsistēmu. Veselam indivīdam imūnsistēma darbojas normāli, un tas novērš slimību rašanos. Bet, ja imūnsistēmā ir traucējumi, tā nedarbojas aktīvi. Imūndeficīts ir tāds stāvoklis, kad imūnsistēmas spēja cīnīties pret slimībām kļūst vāja vai tās vispār nav; imūnsupresija ir vēl viens stāvoklis, kas saistīts ar imūnsistēmu, kurā samazinās imūnsistēmas efektivitāte.