Galvenā atšķirība starp nabassaites asiņu un kaulu smadzeņu cilmes šūnām ir tā, ka nabassaites asiņu cilmes šūnas ir hematopoētiskās šūnas, kas pēc dzemdībām atrodas jaundzimušā nabassaitē, savukārt kaulu smadzeņu cilmes šūnas ir kaulu smadzenēs esošās cilmes šūnas indivīdu audi.
Cilmes šūnu transplantācija ir izplatīta terapeitiska procedūra, kad pacients saņem asiņu veidojošo (cilmes) šūnu devu, lai pašas iznīcinātās šūnas aizstātu ar slimību vai citām terapeitiskām procedūrām. Gan nabassaites asins cilmes šūnām, gan kaulu smadzeņu cilmes šūnām ir terapeitiski mērķi (transplantācijas). Tādējādi šo cilmes šūnu kopīga izmantošana ir neveselīgo šūnu aizstāšana ar veselām. Klīniski visbiežāk sastopamie veselīgo šūnu avoti ir nabassaites šūnas un kaulu smadzeņu šūnas.
