Galvenā atšķirība starp iekšējo un ārējo elpošanu ir tāda, ka iekšējā elpošana attiecas uz vielmaiņas reakciju kopumu, kas notiek šūnās, lai ražotu enerģiju, oksidējot glikozi un citas organiskās molekulas, savukārt ārējā elpošana attiecas uz skābekļa pārvietošanas procesu no ārējās vides šūnām un oglekļa dioksīda pārvietošana no ķermeņa uz ārējo vidi.
Dzirdot terminu elpošana, tas var atgādināt procesu, ko sauc par elpošanu. Tas ir gaisa ieelpošanas un izelpas process. Tomēr, izņemot šo procesu, ir vēl viens elpošanas process, kas notiek organismu šūnu iekšienē. Tas ir process, ko sauc par šūnu elpošanu. Tādējādi šie divi procesi, elpošana un šūnu elpošana, tiek attiecīgi apzīmēti kā ārējā elpošana un iekšējā elpošana. Daudzos aspektos ir atšķirības starp iekšējo un ārējo elpošanu. Neskatoties uz to, iekšējā un ārējā elpošana ir savstarpēji saistīta, jo iekšējā elpošana izmanto skābekli, kas nāk caur ārēju elpošanu, un ārējā elpošana noņem oglekļa dioksīdu; iekšējās elpošanas blakusprodukts.
