Galvenā atšķirība starp aktīvo transportu un pasīvo transportu ir tā, ka aktīvais transports pārvieto molekulas no zemas koncentrācijas uz augstu koncentrāciju pret koncentrācijas gradientu caur daļēji caurlaidīgu membrānu, savukārt pasīvais transports pārvieto molekulas pa koncentrācijas gradientu no augstas koncentrācijas līdz zemai koncentrācijai. Turklāt aktīvajam transportam ir vajadzīga enerģija molekulārām kustībām, atšķirībā no pasīvā transporta, kurai nav nepieciešama enerģija.
Aktīvais transports un pasīvais transports ir divi procesi, kas koncentrācijas gradienta rezultātā apraksta molekulu kustību no viena reģiona uz citu reģionu. Koncentrācijas gradients ir pakāpeniska daļiņu koncentrācijas maiņa šķīdumā starp diviem reģioniem un gradienta rezultāti, ja jonu sadalījums pa šūnu membrānu ir nevienmērīgs. Tātad, kad daļiņu kustība ir pret koncentrācijas gradientu, tas ir aktīvs transports, un, ja tas ir koncentrācijas gradienta virzienā, tas ir pasīvs transports.
