Galvenā atšķirība starp motīvu un domēnu ir tā, ka motīvs nav neatkarīgi stabils, savukārt domēns ir neatkarīgi stabils.
Olbaltumvielas ir svarīgas bioloģiskas makromolekulas, kas atrodas mūsu ķermenī. No otras puses, gēna ģenētiskais kods noteiks olbaltumvielu aminoskābju secību. Turklāt olbaltumvielām ir primārā, sekundārā un terciārā struktūra. Primārā struktūra ir polipeptīdu ķēdes aminoskābju secība. Kad polipeptīdu ķēdes saliekas viena ar otru, tā veido olbaltumvielu sekundāro struktūru. Alfa spirāles, beta lapas un super-sekundārās struktūras pieder sekundārajām struktūrām. Noteiktas super-sekundāro elementu grupas ir pazīstamas kā olbaltumvielu motīvi. Olbaltumvielu terciārā struktūra attiecas uz tās trīsdimensiju struktūru, kas izlemj par olbaltumvielu funkciju. Domēns ir salocīta olbaltumvielu molekulas daļa, kas ir lodveida un kurai ir diskrēta funkcija. Tā ir proteīna funkcionālā un trīsdimensiju pamatstruktūra.
