Galvenā atšķirība starp tardīvo diskinēziju un distoniju ir tāda, ka tardīvā diskinēzija vienmēr ir sekundāra attiecībā uz ilgstošu neiroleptisko līdzekļu lietošanu, bet distonija var būt dažādu citu iemeslu dēļ. Turklāt distonija ir patoloģisks muskuļu tonuss, kā rezultātā rodas muskuļu spazmas vai patoloģiskas stājas. Tā kā tardīvā diskinēzija attiecas uz nekontrolējamu purngali un lūpām uzsitošām grimasēm, kas attīstās pēc ilgstošas neiroleptisko līdzekļu lietošanas.
Abi šie apstākļi ir patoloģiski kustību traucējumi; distonijas ietver dažādus kustību traucējumus, kas rodas dažādu iemeslu dēļ, savukārt tardīvā diskinēzija ir tikai primāro distoniju apakšgrupa.
