Galvenā atšķirība - SYBR Green pret Taqman
SYBR Green un Taqman ir divas metodes, kas tiek izmantotas PCR reāllaika amplifikācijas procesa noteikšanai vai novērošanai. SYBR Green ir metode, kuras pamatā ir nukleīnskābes krāsošanas krāsas interkalācija, savukārt Taqman ir metode, kuras pamatā ir hidrolīzes zonde. Abas tehnoloģijas ir paredzētas fluorescences ģenerēšanai PĶR laikā, kas ļauj reāllaika PĶR mašīnai uzraudzīt reakciju “reālajā laikā”. SYBR Green metodi veic, izmantojot fluorescējošu krāsu, ko sauc par SYBR green, un tā nosaka amplifikāciju, saistot krāsu ar saražoto divkāršu DNS. Taqman tiek veikts, izmantojot divkārši iezīmētas zondes, un nosaka amplifikāciju, degradējot zondi ar Taq polimerāzi un atbrīvojot fluoroforu. Šī ir galvenā atšķirība starp SYBR Green un Taqman.
SATURS
1. Pārskats un galvenās atšķirības
2. Kas ir SYBR Green
3. Kas ir Taqman
4. Blakus salīdzinājums - SYBR Green vs Taqman
5. Kopsavilkums
Kas ir SYBR Green?
SYBR Green ir fluorescējoša krāsa, ko izmanto, lai krāsotu nukleīnskābes, it īpaši divkāršās DNS molekulārajā bioloģijā. SYBR Green metodi izmanto, lai kvantificētu PCR produktus reālā laika PCR laikā. Kad tas saistās ar DNS, iegūtais DNS-krāsu komplekss absorbē zilo gaismu un izstaro intensīvu zaļo gaismu. Tas notiek strukturālo izmaiņu dēļ, kas notiek krāsas molekulā, saistoties ar divšķautņainu DNS. Kad PCR rada arvien vairāk DNS, vairāk krāsu molekulu saistās ar DNS, radot vairāk fluorescences. Tāpēc fluorescence palielinās līdz ar PCR produkta uzkrāšanos. Tādējādi PCR produkta daudzumu var kvantitatīvi izmērīt ar SYBR Green fluorescences noteikšanu.
SYBR zaļo krāsu var izmantot arī DNS marķēšanai citometrijā un fluorescējošā mikroskopijā. Etidija bromīds ir veiksmīgi aizstāts ar SYBR Green, jo etidija bromīds ir kancerogēna krāsa, kurai ir gāzu elektroforēzes vizualizācijas laikā DNS iznīcināšanas problēmas.
SYBR zaļajai metodei ir priekšrocības un trūkumi. Šī metode ir ļoti jutīga, lēta un viegli lietojama. Tomēr nespecifiskā saistīšanās, pateicoties tās spējai saistīties ar jebkuru divkāršu DNS, var izraisīt pārmērīgu PCR produkta kvantitatīvo noteikšanu.
01. attēls: SYBR zaļā tehnika
Kas ir Taqman?
Taqman ir alternatīva metode SYBR Green, lai uzraudzītu reālā laika PĶR procesu. Šī metode ir atkarīga no Taq polimerāzes enzīma 5 '- 3' eksonukleāzes aktivitātes, lai noārdītu zondes jaunās virknes pagarināšanas un fluorofora izdalīšanās laikā. Šajā metodē tiek izmantotas divkārši marķētas zondes, un tās pamatā ir zondu hidrolīze. Zondes ir fluorescējoši iezīmēti DNS oligonukleotīdi, kuriem 5 'galā ir fluorescējoša reportera molekula (fluorofors) un 3' galā dzēšamā molekula. Tie ir veidoti tā, lai tie saistītos ar vienpavediena veidni, kas atrodas grunts annijas pretējā pusē. Taq polimerāze pievieno nukleotīdus primeram un pagarina jauno virkni pret divkārši iezīmētām zondēm. Kad Taq polimerāze saskaras ar zondi, Taq polimerāzes eksonukleāzes darbība aktivizē un noārda zondi. Kad tā ir pabeigusi jaunās virknes sintēzi, zonde tiek pilnībā noārdīta un atbrīvo fluoroforu. Fluorofora izdalīšanās rada fluorescenci. Fluorescējošā Quencher molekula efektīvi dzēš izstaroto gaismu un rada izeju PCR produkta kvantitatīvai noteikšanai. Fluoroforu izdalīšanās un PCR produktu daudzums ir proporcionāls. Tādējādi kvantifikāciju var viegli izdarīt ar Taqman metodi.kvantifikāciju var viegli izdarīt ar Taqman metodi.kvantifikāciju var viegli izdarīt ar Taqman metodi.
02. attēls: Taqmana metode
Taqmana metodi izmanto reālā laika PĶR, gēnu ekspresijas kvantitatīvai noteikšanai, ģenētisko polimorfismu noteikšanai, hromosomu DNS delēciju kvantitatīvai noteikšanai, baktēriju identifikācijai, mikroelementu analīzes pārbaudei, SNP genotipēšanai utt.
Kāda ir atšķirība starp SYBR green un Taqman?
Atšķirīgs raksts vidū pirms tabulas
SYBR Green pret Taqman |
|
| SYBR Green pamatā ir DNS saistoša krāsa. | Taqman ir atkarīgs no hibridizācijas zondēm un Taq polimerāzes 5 'līdz 3' eksonukleāzes aktivitātes. |
| Fluorescējoši marķētas zondes | |
| Nav nepieciešamas fluorescējoši marķētas zondes. | Nepieciešamas divu marķējumu zondes. |
| Multipleksu gēnu analīze | |
| To nevar izmantot multipleksu gēnu mērķiem. | To var izmantot multipleksu gēnu mērķiem. |
| Izmaksas | |
| Tas ir lētāk. | Tas ir dārgāk. |
| Konkrētība | |
| Tas ir mazāk specifisks un saistās ar jebkuru dubultās virknes DNS | Tie ir ļoti specifiski, jo zondes atklāj specifiskos amplifikācijas produktus. |
| Efektivitāte | |
| Tas ir mazāk efektīvi. | Tas ir ļoti efektīvi. |
| Pieteikums | |
| To izmanto reāllaika PCR, agarozes gēla vizualizācijā, DNS marķēšanā utt. | To izmanto reālā laika PCR, gēnu ekspresijas kvantitatīvā noteikšanā, ģenētisko polimorfismu noteikšanā utt. |
Kopsavilkums - SYBR Green un Taqman
Taqman un SYBR green ir divas reālā laika PCR (kvantitatīvās PCR) metodes. Abas metodes ļauj efektīvi kvantificēt PCR produktu un paļaujas uz fluorescences emisiju. Taqmana metode izmanto dubultā marķētas zondes, lai noteiktu uzkrāto DNS, savukārt SYBR Green metode izmanto fluorescējošu krāsu. Abām šīm metodēm ir arī dažādi pielietojumi molekulārajā bioloģijā.
