Galvenā atšķirība starp cilia stereocilia un microvilli ir tāda, ka cilia ir sīkas matiem līdzīgas struktūras, kas sastāv no mikrocaurulītēm, savukārt stereocilia ir matu līdzīgu izvirzījumu saišķi, kas sastāv no aktīna pavedieniem, un mikrovilli ir šūnu membrānu krokas, kas sastāv no aktīna pavedieniem.
Cilija, stereocilija un mikrovilli var parādīties kā līdzīgas struktūras, novērojot no ārpuses. Bet tie strukturāli un funkcionāli atšķiras viens no otra. Tās ir matiem līdzīgas struktūras, kas ir mikroskopiskas. Turklāt tās ir olbaltumvielu šķiedras, kas stiepjas ārpus šūnām.
