Galvenā atšķirība starp karodziņu un blakstiņu ir tāda, ka karodziņš ir garš un atrodas vienā līdz astoņās šūnās, savukārt ciljas ir īsas un simtos vienā šūnā.
Cilia un Flagella ir sīkas struktūras, kas piestiprinātas pie eikariotu un prokariotu šūnām. Viņi izceļas no šūnu virsmas. Šīs struktūras palīdz pārvietoties vienšūnas organismiem. Attiecīgi tie galvenokārt satur olbaltumvielas, ko sauc par mikrotubuliem vai bazālajiem ķermeņiem. Vienšūņu eikariotu organismu gadījumā gan cilijas, gan flagellas ir vitāli svarīgas kustībai. No otras puses, daudzšūnu organismos cilia un flagella palīdz šķidrumu un citu materiālu kustībā pa ķermeņa caurulēm, vienlaikus veicot šūnas vai šūnu grupas pārvietošanu. Tomēr ir zināma atšķirība starp flagellu un ciliju; jo īpaši tie atšķiras viens no otra ar šūnu garumu, izmēru, izskatu un veidu, pie kura tie ir piestiprināti.
