Galvenā atšķirība starp maksimālo parsimoniju un maksimālo varbūtību ir atkarīga no metodes, ko izmanto filoģenētiskā koka izstrādē. Maksimālā parsimonija ir vērsta uz kopējo rakstzīmju stāvokļu samazināšanu filoģenētiskā koka veidošanas laikā, savukārt maksimālā varbūtība ir statistiska pieeja filoģenētiskā koka zīmēšanai atkarībā no ģenētisko datu iespējamības.
Filogēnija ir jauna pieeja organismu klasifikācijai un nomenklatūrai. Filogēnija balstās uz ģenētiskajiem datiem un evolūcijas attiecībām. Ģenētiskie dati ir DNS sekvencēšanas rezultāts. Filogēnijā organismu klasifikācija notiek, pamatojoties uz kopējo senču. Maksimālā parsimonija un maksimālā filoģenētisko attiecību iespējamība palielina filoģenētiskā koka precizitāti un uzticamību.
