Galvenā atšķirība starp patofizioloģiju un patoģenēzi ir tā, ka patofizioloģija izskaidro apstākļus, kas parasti tiek novēroti slimības laikā, kā arī procesus vai mehānismus, kas darbojas organismā, savukārt patoģenēze izskaidro slimības izcelsmi un attīstību un to, vai slimība ir akūta, hroniska vai atkārtota.
Patofizioloģija un patoģenēze ir divi līdzīgi termini, kas tiek izmantoti, lai izskaidrotu slimības rašanos un ar to saistītos mehānismus un īpašības. Patofizioloģija attiecas uz apstākļiem, kas novēroti slimības laikā, un procesiem, kas notiek organismā. Patoģenēze galvenokārt ir vērsta uz slimības izcelsmi un attīstību. Abi pētījumi ir svarīgi, lai diagnosticētu slimību un novērstu tās izplatīšanos.
