Galvenā atšķirība starp protonu un elektronu ir tā, ka protons ir subatomiska daļiņa, kas atrodas atoma kodolā, turpretī elektroni ir daļiņas, kas riņķo ap kodolu.
Atomi ir visu esošo vielu pamatelementi. Atoms satur kodolu, kurā ir protoni un neitroni. Elektroni riņķo ap kodolu orbitālēs. Turklāt kodolā ir arī citas mazas subatomiskās daļiņas. Lielākā daļa atoma vietas ir tukša. Pievilcīgie spēki starp pozitīvi lādēto kodolu (pozitīvo lādiņu protonu dēļ) un negatīvi lādētajiem elektroniem uztur atoma formu.
