Galvenā atšķirība starp fermentāciju un elpošanu ir tā, ka fermentācija notiek bez skābekļa, kamēr elpošanai nepieciešams skābeklis.
Organismiem ir nepieciešama enerģija, lai veiktu šūnu darbības. Tādējādi tie ģenerē enerģijas molekulas ATP formā. Viņi izmanto dažādus substrātus un sadalās dažādās formās, un atbrīvojošā enerģija pārvēršas enerģijas molekulās, kuras šūnas var izmantot. Glikoze ir daudzu organismu primārais substrāts. Fermentācija un elpošana ir divi šūnu procesi, kas rada enerģiju, sadalot glikozi vairākos posmos. Tomēr elpošana ir efektīvāka un rada vairāk ATP molekulu nekā fermentācija.
